Não será em 2017 que o Guarani voltará a jogar uma Copa do Brasil. Fora das duas últimas edições do principal torneio mata-mata do país, o Bugre novamente ficará ausente pois não conseguiu classificação pelo ranking da CBF. Segundo a lista divulgada pela entidade, o time de Campinas cai de 46º para 51º, agora com 2.359 pontos, o que inviabiliza a participação.
O Alviverde somou pontos pela campanha bem-sucedida na Série C do Brasileiro, quando ficou com o vice-campeonato (perdeu a final para o Boa Esporte). Mesmo assim, não foi suficiente para se classificar. São dez vagas disponíveis pelo ranking da CBF e elas ficaram com: São Paulo, Ponte Preta, Ceará, Avaí, Bragantino, Portuguesa, Boa, Oeste, ASA e Londrina.
Para 2017, o Guarani tem duas chances de voltar a disputar a Copa do Brasil: ser campeão da Série A2 do Campeonato Paulista, o que dá direito a uma vaga no torneio mata-mata, ou fazer uma campanha de destaque na Série B do Brasileiro. Só assim para o time garantir presença na competição daqui dois anos e encerrar um “jejum” incômodo.
Na última participação na Copa do Brasil, o Guarani foi eliminado logo na primeira fase, para o Santa Rita-AL: empate sem gols fora de casa e derrota por 2 a 1 em Paulínia. Daquele time que atuou em 2014, apenas o meia Fumagalli continua no clube. Ele atuou o tempo inteiro contra o Santa Rita e viu Medina marcar o único gol bugrino, no dia 9 de abril.